Среди многочисленного сонма святых, почитаемых в Древней Руси, а также и в настоящее время, святые страстотерпцы князья Борис и Глеб занимают особое место. Культ этих святых, пострадавших в 1015 году, начал формироваться еще в ХI веке, а в XII веке их почитание на Руси было повсеместным. Это можно объяснить тем, что святые Борис и Глеб в своей жизни целиком воплотили заповедь Христа-Спасителя: "Нет больше той любви, как если кто положит душу свою за друзей своих" (Ин. 15, 13). А.А. Раппорт в своем труде «Русская архитектура X-XIII вв.» указывает, что в XII веке повсеместно освящались храмы в честь святых Бориса и Глеба.

В XII веке в городе Гродно было построено несколько православных каменных церквей, что позволяет нам говорить о наличии самостоятельной Гродненской архитектурной школы. К сожалению, от этих храмов - Нижнего и Пречистенского -- остались только фундаменты и небольшие остатки стен. Поэтому сохранившаяся Свято-Борисо-Глебская церковь представляет для нас особую ценность. Она не имеет прямых аналогов ни в древнерусской, ни в балканской архитектуре. По своей планировочной схеме (шестистолпный, трехапсидный храм с дополнительным пространством в предалтарной части) гродненский памятник близок греческой архитектурной школе. На этом основании можно предположить, что в XII веке белорусская православная культура была непосредственно связана с великой культурой Византии. История не сохранила нам имя зодчего, построившего храм. Некоторые исследователи называют имя Петра Милонега, известного в те времена зодчего, и приписывают ему это возведение церкви.

У Свято-Борисо-Глебского храма есть и другое название - Коложа. Это связано с походом князя Витовта на Псков. Витовт захватил один из пограничных городов - Коложу, а жителей города отвел в Гродно. Коложане поселились возле церкви и дали свое имя храму.

При церкви с незапамятных времен при Коложе существовал мужской монастырь. Об этом говорят галереи (хоры) в северной стене, проход на которые находится в алтарной части. Как и другие храмы той эпохи, церковь имела купол (купола?), который давал освещение. Во время одной из войн церковь потеряла купол и была перестроена. Один из исследователей истории Коложи архимандрит Игнатий в своем «Инвентаре» сообщает, что не сохранилось и не существует точных сведений о монастыре, который и был основан при ней. Первым, кого он упоминает из настоятелей этой обители, был игумен Каллист, который вступил в управление в 1480 году. Этот год во многих справочных изданиях считается годом основания Коложской обители, хотя, как замечает составитель "Инвентаря", возможно, что и до этого игумена Каллиста были другие настоятели Свято-Борисо-Глебского монастыря.

В XVІ веке во время осады города Гродно московским войском царя Иоанна Васильевича ІІІ Коложский храм претерпел значительные разрушения. Московское войско после неудачной осады Смоленска, опустошая литовские области, дошло и до Гродно. Причём, штурмуя замок, они разорили и Коложскую церковь, снеся с неё крышу, насыпали песка и мусора, установив пушки для штурма гродненской крепости. Вследствие чего рухнул и акустический потолок этого храма, который был оснащён голосниками.

После окончания войны в управление Коложским монастырём вступил игумен Лука. Новый настоятель прежде всего приступил к починке церкви и самого монастыря на деньги, пожертвованные фундатором королевским писарем и Трокским городничим Богушем Боговитиновичем, который, решил, по возможности, если не восстановить былое благолепие монастыря, то обустроить его внешний вид с возможностью проживания при нём монашествующей братии. Он заново воздвигает и обновляет на собственные средства Коложскую церковь и саму обитель, снабдив их всем необходимым для богослужения, а видя, что братия не имеет средств к существованию, предоставляет им свой фольварк Чещевляны с землями и всеми угодьями, на что и выдаёт монастырю запись 20 июля 1506 года в присутствии митрополита Киевского Ионы и Смоленского епископа Иосифа.

Скончался ктитор Боговитинович около 1513 года, за своё благочестие и помощь монастырю был погребён в Коложской церкви возле первой колонны от алтаря по правую сторону. В память о нём на полу была положена плита с могильной надписью, унесённая Неманом во время обвала 1853 года.

Одной из святынь храма была чудотворная Коложская икона Богородицы. Ее носил на себе один нищий. Перед смертью он пожертвовал икону храму и пожелал быть погребенным на паперти. Во время I Мировой войны икона была эвакуирована в Москву, где и потерялась. В настоящее время в церкви копия чудотворной иконы.

В ночь на 2 апреля 1853 года Неман подмыл берег, на котором стоял храм. Южная и половина западной стены разрушились. В 1897 году на средства Министерства Путей Сообщения был укреплен берег Немана, а также достроена легкая деревянная стена вместо упавшей в реку. В советское время Коложа была закрыта и считалась одним из объектов музея. В 1991 году храм был возвращен Церкви и используется по тому назначению, для которого его строили наши благочестивые предки. В конце 1990-х годов в Коложской церкви был устроен иконостас. Одним из жертвователей на это богоугодное дело был покойный Владимир Мулявин. К 2000-летию Христианства и 100-летию Гродненской епархии в стенах храма была устроена выставка Антимисов, отражающая историю епархии. Самый древний из Антимисов относится к эпохе Екатерины Второй.

В 2005 году на средства государства было закончено укрепление берега храма. В настоящее время штат прихода состоит из двух священников и диакона. При храме действует воскресная школа и братство. Хор Коложской церкви неоднократно становился лауреатом и дипломантом фестиваля православных песнопений «Коложский благовест».

Вся история храма повествует об его уникальности. Однако рассказ о Коложе был бы неполным без упоминания об его внутреннем и внешнем декоре. Отличительная особенность храма - многоцветные поливные керамические кресты и камни на внешней поверхности стен. Издавна сложилось неправильное толкование: их считали декоративными, но полихромные кресты и камни находятся в непосредственной связи с конструкциями храма, и эти цветовые особенности являются составной частью архитектурно - символической программы, смысл которой - запечатлеть в камне идею всесозидающей силы Господа.

Изначально Борисо-Глебская церковь не была рассчитана на росписи, о чем свидетельствуют систематические ряды голосников (сосудов, замурованных в кладке и выходящих наружу горлышками), которые улучшали акустику в храме. Тем самым Коложская церковь как бы предвосхитила определение "архитектура - это застывшая музыка"; она является интереснейшим и уникальным памятником, главный смысл которого - Свет Божий и глас ангельский.